На форуме Google Webmaster Help представитель Google Джон Мюллер посоветовал подтверждать права на сайт в Search Console не одним, а несколькими способами одновременно.

Большинство вебмастеров подтверждают сайт путём размещения HTML-файла на сервере. Однако, если Google не сможет получить доступ к файлу во время одной из периодических проверок, то статус может быть утерян. Хоть и редко, но такие ситуации бывают.

Чтобы избежать таких проблем, Мюллер рекомендует использовать два и больше способов подтверждения в Search Console.

В числе доступных способов верификации значатся следующие:

Размещение файла HTML на сервере
Провайдер доменных имен
Тег HTML
Код отслеживания Google Analytics
Фрагмент-контейнер Диспетчера тегов Google
Google Сайты
Blogger

Более подробная информация о том, как подтвердить право собственности на сайт, доступна в Справке Search Console.